Przyszedł na świat we Wrocławiu 25 kwietnia 1847 roku jako syn Johanna Augusta Weberbauera, właściciela wrocławskiego browaru. Jako jedyny syn (dwóch jego braci zmarło w dzieciństwie) stał się oczkiem w głowie rodziców. Otoczony szczególną opieką wykazywał szczególne uzdolnienia plastyczne i przyrodnicze. Uczęszczał do Realgymnasium am Zwinger (Gimnazjum Realnego am Zwinger we Wrocławiu przy obecnej ul. Teatralnej). Jednym z jego profesorów był prof. dr Karl Gustav Wilhelm Stenzel (1826-1905) znany z licznych publikacji przyrodniczych.
Po ukończeniu szkoły jego ojciec, mimo początkowej niechęci, zgodził się to, żeby Otto zajął się malarstwem. Otto w szczególności upodobał sobie malarstwo pejzażowe, co poniekąd stało się zaczątkiem jego lądeckich losów. Otóż na początku 1868 roku Otto zajmował się szkicowaniem pejzaży (starych dębów) w miejscowości Bierdzany, niem. Pirscham (dziś osiedle we wschodniej części Wrocławia). W trakcie pracy napadli go i dotkliwie pobili przebywający w okolicy włóczędzy. Po tych wydarzeniach Otto musiał długo dochodzić do zdrowia, odwiedzając liczne uzdrowiska, mi.in. Franciszkowe Łaźnie (Franzensbad) czy Lądek (Landeck).

W trakcie lądeckiego etapu swojego życia, Otto zaprzyjaźnił się z miejscowym radcą sanitarnym – Adolfem Adamczykiem (1815-1875). Otto musiał być częstym gościem w domu radcy Adamczyka, gdyż wtedy zapewne poznał jego siostrę – Anonię. Zakochany Otto oświadczył się jej, a po przyjęciu oświadczyn poślubił ją 30 sierpnia 1869 roku. Ze związku tego na świat przyszło czworo dzieci. Pierwsze lata pożycia małżeńskiego młoda para mieszkała w Lądku, ale też dużo podróżując, m.in. po Bawarii, Szwajcarii i Włoszech. W roku 1873 roku Otto spieniężył odziedziczony po ojcu browar i przeniósł się na stałe do Lądka, gdzie wybudował dla swojej rodziny dom (Villa Weberbauer, Schloß Biele, DW Wrzos, Rezydencja Victoria). W tym czasie realizował swoje pasje zawodowe podejmując się studiów nad grzybami. Efektem tej pracy były wydawane we współpracy z Wilhelmem Gottliebem Schneiderem dwie 30-stronnicowe książeczki „Die Pilze Norddeutschlands mit besonderer Berücksichtigung Schlesiens” (1873, 1875) z rysunkami Weberbauera. Z bliżej nieznanych powodów, mimo, że gotowe były materiały do wydania kolejnych części nigdy to nie nastąpiło.
Swój dom zmienił Otto w osobliwe muzeum – kolekcjonował skóry zwierzęce, wypchane zwierzęta, morskie stworzenia oraz muszle. Poszukiwał także surowicy na jad żmij, co zaowocowało dość dużą kolekcją żyjących okazów tego gatunku. Miał też posiadać jedną z największych kolekcji motyli. Był to efekt dość licznej wymiany z licznymi europejskimi kolekcjonerami.

W 1881 roku po raz kolejny miał wyjechać do Włoch celem podreperowania wątłego zdrowia, nadszarpniętego dodatkowo napadem sprzed lat. Wieczorem 19 lutego 1881 roku poszedł pożegnać się z jednym z przyjaciół, który wyruszał w podróż. Wyszedł od niego około godziny 22, dwie godziny później znaleziony został martwy przez swojego ogrodnika w okolicy własnej rezydencji z okazałą raną głowy. Najprawdopodobniej jego własny pies pociągnął go, czego efektem był nieszczęśliwy upadek ze schodów.
Otto Weberbauer spoczął na nowym cmentarzu parafialnym 23 lutego 1881 roku.

[Na podstawie informacji Zb. Walusia]